La formation du canyon a commencé il y a 5 à 6 millions d'années et continue de changer avec chaque crue soudaine et chaque pluie. Voici une brève chronologie de l'histoire des canyons.
- il y a 190 millions d'années : Les murs de grès d'Antelope Canyon ont commencé à prendre forme au cours de la période jurassique.
- il y a 5 à 6 millions d'années : Des crues soudaines et de fortes pluies ont provoqué la formation de "fentes" au fil du temps, créant les canyons que nous voyons aujourd'hui.
- il y a 8 à 9 siècles : Le peuple Navajo s'est installé sur les terres autour des canyons.
- il y a 40 à 50 ans : Antelope Canyon est devenu un site protégé par la nation navajo, fait partie du Navajo Tribal Park et ne peut être visité qu'en présence d'un guide navajo.