Dannelsen av kløften begynte for 5-6 millioner år siden, og den fortsetter å forandre seg med hver eneste flom og nedbør. Her er en kort tidslinje over kløftenes historie.
- 190 millioner år siden: Veggene av sandstein i Antelope Canyon begynte å ta form i løpet av jura-perioden.
- 5 til 6 millioner år siden: Lynflommer og kraftig nedbør førte til at det over tid ble dannet "slisser" som skapte de kløftene vi ser i dag.
- for 8-9 århundrer siden: Navajo-folket slo seg ned i områdene rundt kløftene.
- for 40 til 50 år siden: Antelope Canyon ble et beskyttet område under Navajo Nation, er en del av Navajo Tribal Park, og kan bare besøkes med en Navajo-guide til stede.