Slugtens dannelse begyndte for 5 til 6 millioner år siden og fortsætter med at ændre sig med hver eneste oversvømmelse og regn. Her er en kort tidslinje over kløfternes historie.
- 190 millioner år siden: Sandstensvæggene i Antelope Canyon begyndte at tage form i juraperioden.
- 5 til 6 millioner år siden: Stormfloder og kraftig regn fik med tiden "slots" til at dannes og skabte de kløfter, vi ser i dag.
- for 8-9 århundreder siden: Navajo-folket bosatte sig i områderne omkring kløfterne.
- for 40-50 år siden: Antelope Canyon blev et beskyttet sted under Navajo Nation, er en del af Navajo Tribal Park og kan kun besøges med en Navajo-guide til stede.